Persetujuan ini menimbulkan kekhawatiran bahwa Presiden Joko Widodo, yang menunjuk Agus, sedang berupaya memperpanjang pengaruhnya melampaui dua periode yang dibatasi undang-undang.
Promosi Jenderal Agus Subiyanto ke puncak posisi militer, setelah bekerja sebagai Kepala Staf Angkatan Darat selama kurang dari sebulan, adalah juga pengingat bahwa keamanan dalam negeri dan peran militer saling berkaitan sebagai masalah elektoral dengan dampak penting bagi demokrasi di Indonesia.
Dalam masalah ini, ada perbedaan cukup nyata di antara kandidat presiden Prabowo Subianto, Anies Baswedan, dan Ganjar Pranowo.
Dalam sembilan tahun setelah Jokowi menjabat sebagai presiden, TNI telah meraih kembali kewenangan signifikan yang terlepas dari mereka sejak demokrasi lahir di Indonesia, yang dimulai dengan kejatuhan Presiden Suharto pada Mei 1998.
Menteri pertahanan pada kabinet Jokowi yang pertama, Ryamizard Ryacudu, membuat garis besar doktrin keamanan nasional, yang disebut Bela Negara, yang mengelompokkan separatisme, narkotika ilegal, komunisme, dan hak LGBTQ sebagai ancaman keamanan nasional terbesar bagi republik. Ryacudu mengembalikan lagi banyak milisia sipil dan melibatkan militer dalam keamanan pangan dan beragam fungsi sipil.
Pada 2018, setelah serangan teroris di Surabaya, DPR mempercepat pengesahan RUU antiterorisme yang kontroversial yang membenarkan penahanan preemtif dan mengembalikan kewenangan pemberantasan terorisme kepada militer; yang sebelumnya merupakan kewenangan tunggal polisi sejak 1999.
Setelah pemlihan umum 2019, Jokowi menawarkan posisi menteri pertahanan kepada Prabowo, yang telah dilarang masuk ke Amerika Serikat akibat tuduhan kuat pelanggaran hak asasi manusia ketika dia bertugas sebagai komandan Kopassus di Timor Leste, dan ketika memicu kerusuhan di Jakarta pada 1998.
Meski Prabowo telah berupaya banyak untuk memodernisasi militer Indonesia, dia tidak pernah menghapus kebijakan Bela Negara milik pendahulunya.
Di bawah Jokowi, pihak militer terang-terangan telah berupaya merebut kembali kewenangan sipil yang dilepaskan dari mereka pada 2004 (UU No 34). Pada Mei 2023, TNI mengusulkan pembentukan kembali komando teritorial di seluruh 38 provinsi; sebuah gagasan yang didukung Prabowo, tetapi mengundang kritik dari aktivis demokrasi dan hak asasi manusia.
Pada 2 Oktober 2023, sebuah undang-undang pegawai negeri sipil yang baru telah disahkan (UU No 20), yang menghidupkan kembali beberapa butir dwifungsi TNI. Pasal 19 pada UU itu, sebagai contoh, membenarkan anggota aktif militer dan polisi untuk pada saat bersamaan mengisi posisi administratif sipil.
