Namun, pada sabtu (14/12) pukul 10.30 wib, kapal mengalami kebocoran pada bagian haluan depan bawah, tepat di lunas kapal, saat berada di perairan Bawean.
Upaya penyelamatan dilakukan oleh KKM kapal dengan memompa air yang masuk, tetapi kebocoran semakin parah.
Sekitar pukul 14.30 wib, nakhoda memerintahkan seluruh ABK untuk menggunakan alat keselamatan, kapal akhirnya tenggelam pada sore hari.
Seluruh ABK menyelamatkan diri menggunakan alat keselamatan yang ada di kapal. Selanjutnya selasa pagi, (17/12) pukul 09.00 wib kapal KMN Barokah Ilahi 04 bersama 7 ABK yang diselamatkan tiba di PPN Brondong, Lamongan.
