Ruang pertama menampilkan koleksi prasejarah berupa fosil hewan darat dan laut. Fosil gajah, tanduk rusa, tengkorak kuda nil, hingga gigi hiu tersusun rapi dalam kaca bening, dilengkapi penjelasan informatif yang memudahkan pengunjung memahami konteks sejarah.
Berlanjut ke ruang Hindu-Buddha, pengunjung diajak menelusuri jejak peradaban kuno. Arca Dewa Siwa dan Ganesha, gerabah, serta artefak perdagangan menjadi bukti peran Bojonegoro dalam jaringan budaya masa lampau. Koleksi pusaka beraksara kuno menambah nuansa historis yang kuat.
Ruang etnografi menampilkan kehidupan agraris masyarakat Bojonegoro. Lesung padi panjang di tengah ruangan menjadi ikon utama, dikelilingi alat musik tradisional, teknologi pertanian, dan senjata tradisional. Semua koleksi ini menggambarkan kearifan lokal yang diwariskan lintas generasi.
