Kemudian Habib Abdul Qadir Alwi Assegaf yang merupakan ulama besar kala itu mengubahnya dari langgar menjadi masjid. Habib yang berasal dari Hadramaut Yaman ini sering menggelar pengajian bersama para keturunan Arab dan masyarakat di sana.
“Selain salat 5 waktu, setiap habis Magrib untuk kajian Alquran, mengaji kitab, dan kegiatan keagamaan, seperti perayaan Maulud Nabi, Nisfu Sha’ban, 10 Muharram (Assyura), serta tradisi atau pengajian awal tahun dan akhir tahun, yang merupakan budaya dari Yaman,” jelas Agil.
Jika dilihat, bangunan bagian depan masjid Muhdhor hampir sama dengan masjid Astana yang ada di area makam Sunan Bonang. Pembangunan tahap kedua adalah perluasan yang diperkirakan sudah 150 tahun, dan tahap ketiga dibangun tahun 1980.
Meski telah banyak direnovasi untuk bangunan kedua dan tiga, bangunan sisi depan masih dipertahankan hingga saat ini. “Bisa kita lihat dari keramik, pintu, dan gantungan lampu minyak di langit-langit ini,” ungkap Agil sambil menunjukan keberadaan gantungan lampu minyak.
