Sementara dalam hal pengelolaan lembaga pendidikan, LDII lebih menyerupai pola Muhammadiyah. Seluruh sekolah, pesantren, maupun satuan pendidikan lain berada di bawah yayasan dan organisasi, bukan milik pribadi perorangan.Dengan sistem ini, LDII memastikan keberlangsungan dan standarisasi kualitas pendidikan secara nasional.
“Dalam manajemen pendidikan, kami mirip Muhammadiyah. Kalau di NU biasanya pondok milik kiai, sedangkan Muhammadiyah mengelola sekolah dan pesantren melalui yayasan. Di LDII pun demikian: seluruh satuan pendidikan, baik sekolah maupun pondok pesantren, adalah milik yayasan dan organisasi,” terangnya.
Chriswanto menegaskan bahwa LDII hadir hampir di seluruh Indonesia dan bersifat terbuka bagi siapa saja yang ingin belajar agama. Di level daerah, setiap program diselaraskan dengan kebutuhan wilayah, termasuk di Jawa Barat yang memiliki dinamika pembangunan cukup tinggi.
