Era Reformasi (1999): Kunci Reformasi
Pemilu 1999 merupakan peristiwa kunci proses reformasi pasca-Orde Baru. Pada 1998, Presiden Soeharto lengser pada akibat krisis ekonomi yang melambungkan harga bahan pokok sehingga memicu demonstrasi anti-Suharto. Wakil Presiden BJ. Habibie kemudian mengambil alih kepemimpinan negara dan memutuskan untuk mempercepat pelaksanaan pemilu dari 2002 menjadi 1999. Pada tahun itu, Komisi Pemilihan Umum (KPU) dibentuk sebagai menjadi penyelenggara resmi pemilu.
Hasil pemilu ini memberikan kekuatan politik yang signifikan kepada partai-partai yang mendukung reformasi. PDI-P yang dipimpin oleh Megawati Soekarnoputri berhasil meraup suara terbanyak. Meskipun PDI-P berhasil memenangkan pemilu legislatif, MPR menetapkan Abdurrahman Wahid — yang akrab dipanggil Gus Dur– dari PKB sebagai presiden, bersama dengan Megawati Sukarnoputri sebagai wakil presiden.
Pasangan tersebut tidak menyelesaikan masa jabatannya karena Sidang Istimewa MPR memutuskan untuk melengserkan Gus Dur, dan menunjuk Megawati yang wakil presiden sebagai presiden pada 2001. Di bawah kepemimpinannya, Megawati berduet dengan Hamzah Haz, sebagai wakil presiden.
Pemilu 2004-2019: Pemilihan Langsung
Pemilu 2004 juga mencatatkan tonggak sejarah dalam demokrasi Indonesia karena presiden, wakil presiden, anggota DPR, dan DPRD untuk pertama kalinya dipilih secara langsung. Sebanyak 24 partai tercatat ikut serta dan diselenggarakan dalam dua putaran. Pasangan Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) dari Partai Demokrat dan Jusuf Kalla dari Golkar akhirnya berhasil meraih kemenangan, mengalahkan empat pasangan lainnya, pada putaran kedua.
SBY kembali mencalonkan diri untuk masa jabatan keduanya sebagai presiden pada pemilu 2009, dengan menggandeng mantan menteri keuangan Boediono. Pemilu tersebut diikuti oleh 44 partai politik dan tiga pasang capres dan cawapres yang bersaing untuk meraih dukungan masyarakat. Meski demikian, SBY dengan mudah melenggang kembali ke Istana Negara untuk periode kedua lewat satu putaran.